La junta general, llamada antiguamente cabildo, es el órgano decisorio más importante de la hermandad. Está formada por el conjunto de juanistas, y los acuerdos se toman por mayoría simple de votos. La junta general elige a los cargos directivos y a la Comisión encargada de organizar la fiesta. La junta general tiene lugar una vez al año y se celebra en el primer cuatrimestre del año.Esta fórmula de gobierno, compuesta de junta general y comisiones es antiquísima, y ya era utilizada por la hermandad en el siglo XVII. El nombre de cabildo es equivalente al de reunión de hermanos, por tanto, si la hermandad era conocida como Cabildo del Glorioso San Juan Evangelista es porque los acuerdos se tomaban en una asamblea, donde todos los hermanos tenían voz y voto. De aquella época se han conservado algunas actas de juntas, conservadas en el libro de la hermandad.En la actualidad, cada año se celebra una única junta o cabildo, en la que se analizan las cuentas presentadas por la comisión y se tratan los temas relacionados con la fiesta. Antiguamente se celebraban más asambleas a lo largo del año. Una reunión tenía lugar antes de la fiesta y otra el día de la Transfiguración (6 de agosto) cuando se elegían los cargos de gobierno. Esta fecha tenía un carácter simbólico, pues igual que Cristo eligió, entre sus apóstoles, a San Juan, Santiago y San Pedro para que fueran testigos del Tabor, el cabildo elegía, entre sus miembros, a sus cargos directivos.
